Protein Design 知识库 蛋白质设计 · 方法与实践

氨基酸与化学

基础原理 · 更新于 2026-07-29

标准遗传密码编码 20 种氨基酸,其侧链(R 基)的理化性质决定了蛋白质的 折叠倾向、稳定性与功能界面。

按性质分组

  • 疏水:Ala、Val、Leu、Ile、Phe、Met(倾向埋入核心)
  • 极性不带电:Ser、Thr、Asn、Gln、Tyr、Cys
  • 带正电:Lys、Arg、His
  • 带负电:Asp、Glu
  • 特殊:Gly(柔性强)、Pro(破坏螺旋)、Cys(可成二硫键)

在设计中的用法

核心区以疏水残基为主以保持稳定;表面与界面可引入带电残基调控溶解度与相互作用; 二硫键(Cys 对)常用于提升胞外蛋白的热稳定性。

# 简单统计序列中各类残基比例(示意)
from collections import Counter
seq = "MKTAYIAK..." 
Counter(seq)  # 看疏水/带电分布
提示:过度疏水易聚集沉淀,过度亲水则核心不稳,需在两者之间取得平衡。